Die Isarfischer e.V. haben auch für kleinere Gewässer und Stadtbäche das Fischereirecht inne. Im Bereich des Stadtgebietes München werden viele Stadtbäche von der Isar gespeist. Historisch betrachtet, wurden noch viel mehr Stadtbäche gespeist als unten aufgeführt, diese wurden häufig im Zuge der Stadtentwicklung trockengelegt.
Wir starten Flussabwärts gesehen östlich auf der Höhe der Marienklause mit dem wichtigsten Stadtbach, dem Auer Mühlbach. Er wird mit Isarwasser aus dem westlich gelegenen Werkkanal durch den Auermühlbach-Dücker beim Marienklausensteg gespeist. Sein Wasser wird somit unter der Isar durchgeführt und tritt am südlichen Ende des Tierparkgeländes zu Tage. Von dort aus fließt er durch den Tierpark entlang der östlichen Hangkante des Isartals nach Norden durch den Stadtteil Au, um nach dem Muffatwerk kurz vor dem Friedensengel wieder in die Isar zu münden. Auf seinem Weg verläuft er teilweise unter ganzen Straßenzügen und Häusern unterirdisch.
Östlich der Siebenbrunner Straße fliesst das Siebenbrunner Bächl, auch Harlachinger Quellbach genannt. Der aus Hangquellen gespeiste Bach mündet nach kurzem Lauf in den Auer Mühlbach.
Der Auer Mühlbach stellt im dicht besiedelten Stadtgebiet ein wichtiges Jungfisch-Habitat dar, weil hier der Fraßdruck durch Prädatoren wie z.B. Gänsesäger weit geringer ist als in der frei fließenden Isar. Ohne jemals besetzt worden zu sein, entwickeln sich hier z.B. die Äschen sehr erfreulich. Hingegen haben sich Besatzversuche mit Bachforellen eher enttäuschend entwickelt, da auch der Auer Mühlbach – genauso, wie die Isar im Stadtgebiet – der Äschenregion zuzurechnen ist. Der Auer Mühlbach wird regelmäßig elektrisch abgefischt um den Jungfischen eine gerechte Entwicklung in einem größeren Gewässer zu ermöglichen. Dafür werden die Fische schonen in die Isar umgesetzt.
Wir befinden uns nochmal im Süden auf der Höhe des Tierparks beim Auer Mühlbach, aus dem dort ein langer Gewässerlauf gespeist wird. Als erstes entspring der Aubach, welcher auf seiner Reise nach Norden in den Entenweiher fliesst. Ab da wird der Aubach zum Freibadbächl, welcher durch das Schyrenbad fliesst um letztendlich wieder zurück in die Isar zu verlaufen.
Im Stadtbild bekannt, verläuft flussabwärts gesehen westlich der Isar der Werkkanal, der in seinem Unterlauf Großer Stadtbach genannt wird. Aus dem Werkkanal zweigt der Floßländkanal ab, der die Flößer zur Floßlände führt. Das Wasser fliesst von da ab weiter durch das Maria-Einsiedel-Freibad und als Mühlbach hinter den Hütten der Kanuvereine vorbei bis zur Rinnecker-Klinik wieder zurück in den Werkkanal.
Aus dem Floßländkanal gespeist verläuft östlich vom Werkkanal hinter dem Golfplatz Thalkirchen der Maria-Einsiedel-Mühlbach. Dieser kleine, hinter dem Golfplatz Thalkirchen verlaufende Bach ist ebenfalls ein Jungfischhabitat und mündet in den Mühlbach.
Auf der Höhe der Abzweigung vom Werkkanal in den Floßländkanal liegt der Hinterbrühler See. Dieses Stillgewässer wird vom Verein zur Gewässerhege mit Karpfen besetzt. Gespeist wird der See durch einen kleinen Zu- und Ablauf durch den Werkkanal.
Aus dem Werkkanal wird nach dem durchfliessen des Isarwerk 2 der grosse Stadbtbach. Dieser läuft fast parallel zur Schäftlarnstrasse Richtung Norden und auf Höhe der Isartalstrasse nach dem Isaerwerk 3 wieder zurück in die Isar.
Kurz nach der Mündung des großen Stadtbachs wird widerum Wasser für den Westermühlbach abgeleitet. Der Westermühlbach befindet sich auf der Höhe der Großmarkthallt und wird im weiteren Verlauf zum Glockenbach. Dieser Gewässerverlauf wird weiter zum komplett unterirdisch verlaufenden westlichen Stadtgrabenbach.
All diese Verläufer der Isar kommen zum einen unterhalb der Amerikanischen Botschaft als Köglmühlbach und zum anderen hinter dem Haus der Kunst als Eisbach wieder an die Tagesoberfläche. Der Eisbach fliesst auf östlicher Seite des Englischen Garten Richtung Norden weiter. Der Gewässerlauf auf der westlichen Seite wird vom Köglmühlbach zum Schwabinger Bach.
Bei der Praterinsel fliesst ebenfalls Wasser aus der Isar in den Eisbach und die anderen Bäche im Englischen Garten. An all diesen Bächen hat der Verein das Fischereirecht, was aber faktisch nur die Hegeverpflichtung, also das Abfischen bei den regelmäßigen Bachauskehren bedeutet. So werden aus dem Eisbach, dem Eisdriftkanal, dem Oberstjägermeisterbach und dem Schwabinger Bach immer große Mengen von Nasen, Barben und Aiteln geborgen und in die Isar umgesetzt, ohne dass diese Fischarten besetzt wurden.
Am Ender unserer kleinen Reise der Stadtbäche und Gewässer Münchens befinden wir uns Nordwestlich der John-F-Kenendy-Brücke in Bogenhausen bzw. dem Grüntal – dort verläuft der Brunnbach. Er wird aus den Hangquellen des östlichen Isartalsteilhanges gespeist und fliesst weiter nördlich in die Isar. Der Brunnbach ist, wie die anderen Statdbäche auch, ein Jungfischhabitat und die Heimat der einzigartigen bayerischen Zwergdeckelschnecke.
